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华大基因与英国伯明翰大学合作开发全新环境代谢组学计算资源

互联网2013年4月27日 14:25 点击:724

2013年4月19日,英国伯明翰大学、华大基因及其开放式大数据期刊《GigaScience》,将合作开发大规模环境代谢组学数据分析软件平台,从而为特定环境中生物体的健康情况提供有价值的信息。这项合作获得了英国自然环境研究委员会(NERC)的基金资助。

代谢组学主要包括对生物体内小分子(代谢产物)进行检测及定量,并提供细胞环境和健康状况指标。有机体对污染物的毒性反应可以通过环境代谢组学来进行研究,以使得科研人员能够发现可用于环境监测和风险评估的诊断标记。伯明翰大学的代谢组学研究使用对污染物敏感的水蚤作为研究对象。这种淡水模式生物使得研究人员在其代谢过程中能够评估污染物和工程纳米材料的影响。

在代谢组学研究中,用复杂的计算分析来衡量代谢产物的丰度是不可或缺的过程。然而,人们在程序设计和生物统计上知识及经验的欠缺,严重限制了代谢组学在生物学专业实验室中的进一步应用。而本项目将会开发一个软件平台使得不以计算见长的生物学家能够便捷的使用,从而方便地进行代谢组学数据分析,极大的扩展了这些工作的范围和影响。

作为华大基因和伯明翰大学在环境与健康领域合作的首个代谢组学项目,此次合作将为伯明翰大学生命科学学院的开发人员提供机会到香港与《GigaScience》杂志的工作人员一同工作,开发主流的Galax工作流程系统,以用于代谢组学数据分析(见: http://galaxy.cbiit.cuhk.edu.hk/)。

《GigaScience》杂志数据管理经理Peter Li表示:“NERC的基金支持将实现我们大规模数据的管理和自动分析能力与伯明翰大学代谢组学专业知识之间的协同交换与交流。”他还补充道,“这同时也是华大基因非常感兴趣的生命科学研究领域。华大基因在不断的发展,从基因组学领域不断的扩充其经验,并逐步渗透发展到生命科学领域中其他更多的综合性研究。”

来自伯明翰大学的Mark Viant教授还补充说,“此次与华大基因的合作将要联合开发全新的工具和资源,这与我们在伯明翰的主要研究目标相统一,可以为环境科学家提供更广泛和便捷的代谢组学研究途径。我们还将逐步展开这些工具的使用培训。”

本项目获得英国自然环境委员会数学与信息科学在环境组学数据综合计划支持。

(来源: 互联网 )


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